Die Organe der Gemeinde sind:

Gesamtheit der Stimmberechtigten
Die Stimmberechtigten üben ihre Rechte an der Urne aus. Sie wählen die Mitglieder des Kantonsrates, des Gemeinderates und aus dessen Mitte den Gemeindepräsidenten sowie die Mitglieder der Rechnungs- und Geschäftsprüfungskommission und ebenso aus deren Mitte den Präsidenten oder die Präsidentin der RPK. Von den Stimmberechtigten gewählt wird auch der Gemeindeschreiber.

Gemeinderat
Der Gemeinderat Stein AR besteht aus neun Mitgliedern, die alle vier Jahre - (letztmals am 12. April 2015 im Rahmen der Gesamterneuerungswahlen) - nach dem Majorzverfahren von den Stimmberechtigten gewählt werden.
Der Gemeinderat ist das leitende, planende und vollziehende Organ der Gemeinde. Er übt alle Befugnisse aus, die nicht ausdrücklich den Stimmberechtigten vorbehalten oder einem anderen Organ übertragen sind. Die Aufgaben und Befugnisse des Gemeinderates sind in der Gemeindeordnung geregelt.

Geschäftsprüfungskommission
Die Rechnungs- und Geschäftsprüfungskommission (RPK) besteht aus drei Mitgliedern. Sie prüft die Gemeinderechnung nach den Bestimmungen des Finanzhaushaltsgesetzes sowie die Geschäftsführung des Gemeinderates und der gesamten Gemeindeverwaltung.